שני גופים מנהלים את פעילות העמותה חבריהם נבחרים על ידי חברי העמותה. ואלה הם :
האסיפה הכללית היא המוסד העליון של העמותה, האסיפה מתקיימת באמצעות כינוס נציגויות בתי הדיור המוגן. אסיפה כללית תכונס לפחות פעמיים בשנה, בחודש יוני ובחודש דצמבר של כל שנה. האסיפה בוחרת בחברי ההנהלה ובחברי ועדת הביקורת של העמותה.
ההנהלה מנהלת את העמותה באופן שוטף. בחירתם של חברי ההנהלה תיעשה באסיפה כללית של חודש יוני , אחת לשנתיים. חבריה נפגשים לפחות פעם בוחדש. מספר חברי ההנהלה לא יפחת משבעה ולא יעלה על תשעה. ההנהלה תבחר מתוכה את יושב/ת ראש העמותה. חברי ההנהלה ובעלי התפקידים בה יבצעו את משימותיהם בהתנדבות ושלא על מנת לקבל פרס.
כהונתם של חברי ההנהלה תימשך עד שש שנים. לאחר תקופת צינון של קדנציה אחת, בת שנתיים, ניתן לשוב ולהיבחר.
